Stagione 1
La prima stagione si concentra su varie battaglie combattute tra la Repubblica e i Separatisti. I Jedi competono con il Conte Dooku e il Generale Grievous nel tentativo di convincere diversi sistemi planetari a unirsi alla loro causa. Ci sono anche diversi episodi che non si concentrano sul conflitto con i Separatisti, ma piuttosto su altri aspetti delle Guerre dei Cloni.

Stagione 2: Rise of the Bounty Hunters
La seconda stagione si concentra sul coinvolgimento dei cacciatori di taglie nelle Guerre dei Cloni. Darth Sidious assume Cad Bane per rubare un holocron dal Tempio Jedi che mette a repentaglio il futuro dei bambini sensibili alla Forza della galassia; un impianto di produzione di droidi separatisti su Geonosis crea nuove armi che minacciano di cambiare le sorti della guerra; Grievous aumenta i suoi attacchi alla flotta della Repubblica e travolge i Jedi; la fazione terroristica mandaloriana Death Watch approfitta della neutralità del loro pianeta per prendere di mira la pacifista duchessa Satine Kryze ; e l’assassina Aurra Sing fa da mentore al giovane Boba Fett nella ricerca di vendetta contro Mace Windu per la morte di Boba.padre .

Stagione 3: Segreti rivelati
La terza stagione si concentra sullo sviluppo di alcuni personaggi mentre la guerra infuria. Anakin scopre la natura della Forza e il suo ruolo di Prescelto in un antico regno della Forza; Ahsoka inizia a diventare se stessa e deve affrontare diverse sfide che mettono alla prova la sua indipendenza come Padawan; e Asajj Ventress viene tradita da Dooku e lasciata morta, costringendola a tornare alla sua congrega di Nightsister e tentare di vendicarsi di Dooku attraverso l’uso della sua stessa pedina, il Nightbrother Savage Opress . Altri episodi esplorano il ruolo democratico del Senato della Repubblica nelle Guerre dei Cloni e il modo in cui i diversi pianeti sono influenzati dal conflitto galattico.

Stagione 4: Battle Lines
La quarta stagione si concentra sull’escalation delle Guerre dei Cloni attraverso battaglie di crescente intensità su diversi fronti. Il Capitano Rex e la 501a Legione sono costretti ad andare contro i loro ordini e ad agire in modo indipendente per opporsi al generale Jedi canaglia Pong Krell; Obi-Wan finge la sua morte e va sotto copertura come cacciatore di taglie per contrastare un complotto separatista per rapire il Cancelliere Palpatine ; Ventress abbandona il suo passato e diventa una cacciatrice di taglie in seguito al massacro delle Sorelle della Notte da parte dei Separatisti; e Savage trova suo fratello perduto da tempo, Darth Maul, che cerca vendetta contro Obi-Wan per la sua sconfitta più di un decennio prima.

Stagione 5
La quinta stagione presenta cinque archi narrativi principali. Nel primo, la Repubblica aiuta un gruppo di ribelli di Onderon, guidati dai fratelli Steela e Saw Gerrera , a liberare il loro pianeta dall’occupazione separatista. Il secondo arco si concentra su un gruppo di giovani Jedi che, dopo aver completato il loro percorso per diventare Padawan, devono mettersi alla prova salvando Ahsoka dai pirati. Il terzo arco ruota attorno a una squadra di droidi che, mentre intraprendono una missione per intercettare un messaggio separatista crittografato, incontrano un amnesicoex commando clone e deve aiutarlo a recuperare i suoi ricordi per fuggire dal pianeta su cui sono stati bloccati. Il quarto arco riguarda il ritorno di Darth Maul, che unisce le forze con Death Watch e altri sindacati criminali per conquistare Mandalore e vendicarsi di Obi-Wan. L’arco finale vede Ahsoka incastrato per aver bombardato il Tempio Jedi e successivamente condannato per essere un assassino a sangue freddo. Lotta per dimostrare la sua innocenza, portandola a chiedersi di chi può fidarsi e a nascondersi dalla Repubblica. Sebbene Anakin catturi il vero colpevole che ha incastrato Ahsoka, la sua fede nel Consiglio Jedi è scossa, quindi sceglie di abbandonare l’Ordine Jedi, lasciando Anakin devastato.

Stagione 6: Le missioni perdute
La sesta stagione è composta da quattro archi narrativi: il clone trooper Fives che indaga sull’attivazione prematura dell’Ordine 66 nella mente di un altro soldato e scopre la verità sui chip inibitori impiantati nel cervello di ogni clone, solo per essere messo a tacere da Palpatine prima che possa esporlo; Padmé che cerca di aiutare la sua vecchia fiamma Rush Clovis a smascherare la corruzione nel clan bancario intergalattico, che causa tensioni nella relazione tra lei e Anakin quando viene a conoscenza della sua missione segreta e interviene; Jar Jar Binks e Mace Windu salvano la Regina di Bardotta catturata da un culto guidato dall’ex leader delle Sorelle della Notte, Madre Talzin; e Yoda che intraprende un viaggio per saperne di più sulla natura della Forza dopo essere stato visitato dallo spirito del defunto Qui-Gon Jinn .

Stagione 7: L’ultima stagione
La settima stagione è composta da tre archi narrativi. Il primo è incentrato sul personaggio del Capitano Rex, mentre lui, Anakin e una squadra di cloni con mutazioni genetiche salvano l’ARC Trooper Echo, che in precedenza si credeva fosse stato ucciso in azione, e sconfiggono i Separatisti su Anaxes con il suo aiuto. Il secondo si concentra su Ahsoka, che fa amicizia con le sorelle Trace e Rafa Martez e le aiuta a saldare un debito con il Pyke Syndicate, mentre cerca di nascondere i suoi poteri della Forza a causa dell’odio delle sorelle per i Jedi. L’arco finale, che è ambientato in concomitanza con Revenge of the Sith , [13] raffigura l’Assedio di Mandalore, una battaglia a cui si era fatto riferimento nel precedente Star Warsmedia. Ahsoka torna con riluttanza nella Repubblica per guidare un assalto insieme a Rex e al guerriero mandaloriano Bo-Katan Kryze contro le forze di Maul su Mandalore. Una volta che Ahsoka ha affrontato Maul, condivide una visione inquietante sul suo precedente maestro Anakin e su come il piano di Darth Sidious sta per diventare pienamente effettivo con Anakin al centro. Dopo che Maul è stato catturato, Ahsoka è ansiosa di parlare con Anakin di ciò che le ha detto Maul, ma mentre si trova in uno Star Destroyer di classe Venator, Sidious esegue l’Ordine 66, facendo sì che Ahsoka venga attaccata dai suoi stessi clone troopers. Riesce a ripristinare il libero arbitrio di Rex e rilascia Maul per causare una distrazione, ma lui finisce per disabilitare la nave su cui si trovano. Alla fine tutti e tre scappano. La scena finale della serie mostra Anakin, ora Darth Vader, che trova la spada laser di Ahsoka tra i rottami della nave qualche tempo dopo e se ne va con essa in silenzio